Pada 1999, selaras dengan kepesatan pembangunan daerah Kinabatangan, Hospital Kinabatangan telah dibina di Pekan Kota Kinabatangan. Ia terletak sejauh 75 km dari Bandaraya Sandakan. Mempunyai keluasan lebih kurang 14.4 hektar. Kawasan bangunan hospital merangkumi 20,430.31 meter persegi dengan kos pembinaan RM23 juta. Hospital ini bukan sahaja berfungsi menggantikan Klinik Kesihatan Bukit Garam yang asal, tapi turut menjadi pusat kesihatan utama penduduk daerah Kinabatangan. Perasmian Hospital Kinabatangan telah disempurnakan oleh Timbalan Perdana Menteri pada ketika itu iaitu Datuk Seri Abdullah Ahmad Badawi pada 26 Februari 1999. Hospital Kinabatangan mula beroperasi pada 17 Julai 1999.
Selain dari Hospital Kinabatangan kemudahan kesihatan Kinabatangan kini meliputi sebuah Klinik Ibu dan Anak, 4 buah Klinik Kesihatan, 7 buah klinik desa, sebuah klinik pergigian dan 2 buah klinik swasta. Kemudahan ini disediakan untuk 86 763 orang penduduk daerah ini dengan nisbah 1 doktor untuk setiap 18 000 pesakit.
Hospital Kinabatangan dilengkapi dengan 68 buah katil yang dibahagikan kepada 3 wad utama. Terdapat Wad Lelaki, Wanita dan Kanak-kanak serta Obstetrik dan Ginekologi. Perkhidmatan perubatan diberikan untuk pesakit luar, dalam dan kecemasan. Sungguhpun tiada rawatan pakar, Hospital Kinabatangan menerima lawatan pakar dari Hospital Duchess of Kent di Sandakan dan Hospital Lahad Datu mengikut tempoh 3 ke 4 bulan. Sebarang kes kecemasan yang memerlukan perhatian pakar akan dirujuk segera ke kedua-dua hospital tersebut dengan kemudahan ambulans yang disediakan.
